1. Ban lãnh đạo
2. Phòng chức năng

• Phòng Tổ chức - Hành chính.
• Phòng Kế hoạch - Nghiệp vụ.
• Phòng Tài chính - Kế toán.

3. Khoa chuyên môn

• Khoa Phòng, chống bệnh truyền nhiễm - Kiểm dịch y tế quốc tế
• Khoa Phòng, chống HIV/AIDS.
• Khoa Phòng, chống bệnh không lây nhiễm.
• Khoa Dinh dưỡng.
• Khoa Sức khoẻ Môi trường - Y tế trường học 
• Khoa Bệnh nghề nghiệp.
• Khoa Sức khỏe sinh sản.
• Khoa Truyền thông - giáo dục sức khỏe.
• Khoa Ký sinh trùng - Côn trùng.
• Khoa Dược - Vật tư y tế.
• Khoa Xét nghiệm - Chẩn đoán hình ảnh - Thăm dò chức năng.
• Phòng khám chuyên khoa HIV/AIDS và điều trị nghiện chất
• Phòng khám đa khoa